谜团一：幽幽地宫深几许？
司马迁说“穿三泉”，《汉旧仪》则言“已深已极”。说明深度挖至不能再挖的地步，至深至极的地宫究竟有多深呢？
根据最新钻探资料，秦陵地宫并没有人们想像的那么深。深度应与芷阳一号秦公陵园墓室深度接近。地宫坑口至底部实际深度约为26米，至秦代地表最深约为37米。但是否如此尚有赖于考古勘探进一步验证。
谜团二：地宫设有几道门？
秦陵地宫门道数量问题，其实《史记》中早有答案。只是未引起学者们的重视罢了。《史记》清楚地记载：“大事毕，已藏，闭中羡，下外羡门，尽闭工匠藏，无复出者。”
棺椁及随葬品全部安置放在中门以内。工匠正在中门以内忙活，突然间“闭中羡门，下外羡门。”工匠“无复出者”，也成了陪葬品。这里涉及既有中羡门，又有外羡门，其中内羡门不言自明。地宫三道门似乎无可辩驳。值得注意的是司马迁中羡门用了个“闭”字，外羡门则有了个“下”字，说明中羡门是可以开合的活动门，外羡门则是由上向下放置的。中羡门可能是横向镶嵌在两壁的夹槽中，是一道无法开启的大石门。内羡门可能与中羡门相似。三道羡门很可能在一条直线上。
谜团三：“上具天文”作何解释？
秦陵地宫“上具天文，下具地理”的记载出自《史记》，其含义是什么？
著名考古学家夏鼐先生曾推断：“‘上具天文，下具地理’应当是在墓室顶绘画或线刻日、月、星象图，可能仍保存在今日临潼始皇陵中。”近年来，西安交大汉墓发现了类似于“天文”“地理”的壁画。
上部是象征天空的日、月、星象，下部则是代表山川的壁画。由此推断，秦陵地宫上部可能绘有更为完整的二十八星宿图，下部则是以水银代表的山川地理。在这座有着象征天、地的地下“王国”里，秦始皇的灵魂照样可以“仰观天文，俯察地理”，统治着这里的一切。
谜团四：地宫埋“水银”之谜
始皇陵以水银为江河大海的记载见于《史记》，《汉书》中也有类似的文字。
至于地宫为何要埋入大量水银？北魏学者郦道元的解释是“以水银为江河大海在于以水银为四渎、百川、五岳九州，具地理之势”。原来是以水银象征山川地理，与“上具天文”相对应。
谜团五：地宫珍宝知多少？
“《史记》明文记载的有“金雁”“珠玉”“翡翠”等。其他还有什么稀世之宝谁也不清楚。不过上世纪80年代末考古工作者在地宫西侧发掘出土了一组大型彩绘铜车马。车马造型之准确，装饰之精美举世罕见。之前，考古工作者还发掘出土了一组木车马，除车马、御官俑为木质外，其余车马饰件均为金、银、铜铸造而成。地宫外侧居然珍藏了如此之精美的随葬品，那么，地宫内随葬品之丰富、藏品之精致是可想而知的。
谜团六：秦始皇使用铜棺还是木椁？
秦始皇使用什么样的棺椁？《史记》、《汉书》均未明确记载。司马迁只留下一句“下铜而致椁”的含糊记录。于是有学者据此得出秦始皇使用的是铜棺。但从文献记载而言，秦始皇未必使用的是铜棺。《史记》、《汉书》明文记载：“冶铜锢其内，漆涂其外”“披以珠玉，饰以翡翠”“棺椁之丽，不可胜原”。这里“漆涂其外”“饰以翡翠”的棺椁恐怕只能是木质的了。如果是铜棺或石棺肯定用不着土漆涂其外，而只有木棺才可能使用土漆。
从先秦及西汉的棺椁制度考察，使用“黄肠题凑”的大型木椁是当时天子的特权。自命功劳大过三皇五帝的秦始皇不可能放弃“黄肠题凑”的木椁而改用其它棺椁。
谜团七：地宫有没有空间？
陵墓主持者之一李斯则说：“凿之不入，烧之不燃，叩之空空，如下无状。”李斯这段话如果记载无误，那地宫明显有个外壳。李斯曾以左丞相身份亲自主持过陵墓工程，应对地宫的构造了如指掌。如果按李斯所言可以推断秦陵当是一座密封的、真空的大地堡式地宫。不然怎么会“叩之空空”？又怎么会“烧之不燃”？
按文献记载推理地宫是空的，且有较大的空间，但由于考古勘探尚未深入到地宫的主要部位，所以地宫内部究竟是虚是实还是个谜。
谜团八：自动发射器
秦始皇在防止盗墓方面也苦费心机。《史记》记载：秦陵地宫“令匠作机弩矢，有所穿进者辄射之”。指的是这里安装着一套自动发射的暗弩。如果记载属实的话乃是中国古代最早的自动防盗器。
秦代曾生产过连发三箭的弓弩。但是安放在地宫的暗弩当是一套自动发射的弓弩。当外界物体碰到弓便会自动发射。2200多年前的秦代何以生产如此高超的自动发射器也是一大谜。
谜团九：秦始皇遗体完好吗？
20世纪70年代中期长沙马王堆汉墓“女尸”的发现震惊中外。其尸骨保存之完好举世罕见。由此，有人推测秦始皇的遗体也会完好地保存下来。
秦始皇死在出巡途中，且正值酷暑时节，经过50余天的长途颠簸，9月才终于运回咸阳。
秦始皇由死到下葬间隔近两个月。根据当代遗体保护经验，一般遗体保护须在死者死后即刻处理。如若稍有延误，尸体就开始变化。秦始皇尸体运回咸阳等不到处理恐怕早已面目全非了，据此推测秦始皇遗体保存完好的可能性很小。
以上谜团只是秦陵地宫众多谜团之冰山一角。随着中国考古研究工作的深入和高科技探测技术的实际运用，秦陵地宫终有一天将再次震惊世界。
